有名な海外のSEO関連の情報を載せてあるサイト『SEOmoz』を『Web担当者Forum』が翻訳しています。
今回の翻訳されている内容がずばり『グーグルでは上位なのにヤフーでは順位が低いのはなぜか（またはその逆）？』とわかりやすいモノなのです。

我々も制作している案件の中でこのような事態に陥る時があります。
これは一般のブロガーの方も悩まれている方は多いと思います。
そんな方達の何かしらの対抗策となればと思い記事抜粋をしてみます。

———-記事抜粋———-

そこそこの最適化しかしていない、被リンク数の少ないURLでも、信頼性の非常に高い強力なドメイン名上にあれば、おそらく他の検索エンジンよりグーグルでのランクの方が高くなる。これは、グーグルのアルゴリズムは、ドメイン名の持つ権威と信頼性を基盤としたものに強く依存していることが理由だ。もし自分のコンテンツのターゲット化（多数のキーワードと多数の外部リンク）が不十分なものの、強力なドメイン名上にある場合、それがグーグルで妙に評価が高い理由かもしれない。

 

最新のインデックスを持ち、新しいリンクを即座に発見して、それを評価することに関しては、グーグルが最高の能力を備えている。コンテンツを公開して間がなかったり、最近になって多くのページからリンクを獲得した場合は、それがヤフーやMSN/Liveよりもグーグルで上位ランクを獲得した大きな要因となっている可能性がある。

 

グーグルは、価値の低い多数のリンクよりも、少数の質が高い信頼性のあるリンクを評価する。これによって、検索結果の上位には、数が少なくても信頼性の高いリンク獲得状況に対してグーグルが与えた価値を得たサイトやページが出がちになる。

———-抜粋終了———-

この記事にも書いてあったように、この疑問に対して確実な答えを述べられる人は存在しないと私も思います。
しかし、手探り次第何かをする！っていうのは危険です。
違反行為とみなされる可能性があるからです。
もし、違反行為とみなされればそれはかなりSEO的に辛い状況に陥ります。
他にも色々な内容が書かれていたのでもっと興味のある方は『グーグルでは上位なのにヤフーでは順位が低いのはなぜか（またはその逆）？』